Dororo narra la historia de Hyakkimaru,un niño que al nacer le roban 48 partes de su cuerpo para ser ofrecidas como paga a 48 demonios.

Milagrosamente hyakkimaru consigue sobrevivir, y sus partes faltantes son sstituidas por partes mecánicas (espadas,cañones,y otras armas). Hakkimaru descrubrirá que su destino es acabar con el ladron y los 48 demonios, recuperando asi lo que es suyo. En su camino conocera a dororo, un pequeño ladron que se unira a su búsqueda y le dará todo su apoyo.